%\documentclass[12pt, twoside]{book}
\documentclass[12pt, oneside]{book}  % jednostranna tlac

%spravne nastavenie okrajov
\usepackage[a4paper,top=2.5cm,bottom=2.5cm,left=3.5cm,right=2cm]{geometry}

%don't need this because we're using XeLaTeX
%\usepackage[utf8]{inputenc}
%\usepackage[T1]{fontenc}

%zapnutie slovenskeho delenia slov
%a automatickych nadpisov ako Obsah, Obrázok a pod. v slovencine
%\usepackage[slovak]{babel} % vypnite pre prace v anglictine!

%nastavenie riadkovania podla smernice
\linespread{1.25} % hodnota 1.25 by mala zodpovedat 1.5 riadkovaniu

% Custom colors
\usepackage{xcolor}
\definecolor{light-gray}{gray}{0.95}
\definecolor{darker-gray}{rgb}{0.8,0.8,0.8}
\definecolor{officegreen}{rgb}{0.0, 0.5, 0.0}

% balicek na vkladanie zdrojoveho kodu
\usepackage{listings}
% ukazky kodu su cislovane ako Listing 1,2,...
% tu je Listing zmenene na Algoritmus 1,2,...
%\renewcommand{\lstlistingname}{Algorithm}
% nastavenia balicka listings
% mozete pridat aj language=...
% na nastavenie najcastejsie pouzivaneho prog. jazyka
% takisto sa da zapnut cislovanie riadkov
% Listings
\lstset{
  xleftmargin=20pt,
  xrightmargin=0pt,
  framexleftmargin=20pt,
  framexrightmargin=0pt,
  framexbottommargin=2pt,
  framextopmargin=2pt,
  basicstyle={\fontsize{10pt}{12pt}\ttfamily},
  columns=flexible,
  keepspaces=true,
  showstringspaces=false,
  identifierstyle=\color[rgb]{0.1,0.1,0.1},
  keywordstyle=\color{blue},
  commentstyle=\color[rgb]{0,0.3,0},
  aboveskip=1em,
  belowskip=1em,
  frame=lines,
  rulecolor=\color{darker-gray},
  numbers=left,
  numbersep=10pt,
  numberstyle={\fontsize{9pt}{11pt}\selectfont\color{gray}},
  captionpos=t,
}

% balicek na vkladanie obrazkov
\usepackage{graphicx}
% balicek na vkladanie celych pdf dokumentov, tu zadanie
\usepackage{pdfpages}
% balicek na spravne formatovanie URL
\usepackage{url}
% balicek na hyperlinky v ramci dokumentu
% zrusime farebne ramiky okolo liniek aby pdf
% vyzeralo rovnako ako tlacena verzia
\usepackage[hidelinks,breaklinks]{hyperref}

% more packages
\usepackage{amsmath}
\usepackage{cleveref}
\usepackage[disable]{todonotes}
\usepackage{siunitx}
\usepackage{booktabs}

% TikZ
\usetikzlibrary{arrows.meta}


% -------------------
% --- Definicia zakladnych pojmov
% --- Vyplnte podla vasho zadania, rok ma byt rok odovzdania
% -------------------
\def\mfrok{2024}
\def\mfnazov{Software support for signal analysis in new generation of nanopore sequencers}
\def\mftyp{Master's thesis}
\def\mfautor{Ing. Adrián Király}
\def\mfskolitel{doc. Mgr. Tomáš Vinař, PhD.}

%ak mate konzultanta, odkomentujte aj jeho meno na titulnom liste
\def\mfkonzultant{tit. Meno Priezvisko, tit. }  

\def\mfmiesto{Bratislava, \mfrok}

% študenti BIN a DAV odkomentujú príslušnú dvojicu riadkov
\def\mfodbor{Computer Science}
\def\program{Applied Computer Science}
% pre BIN:
%\def\mfodbor{Computer Science and Biology} 
%\def\program{ Bioinformatics }
% pre DAV:
%\def\mfodbor{Computer Science and Mathematics} 
%\def\program{ Data Science }

% Ak je školiteľ z FMFI, uvádzate katedru školiteľa, zrejme by mala byť aj na zadaní z AIS2
% Ak máte externého školiteľa, uvádzajte Katedru informatiky 
\def\mfpracovisko{Department of Applied Informatics}

\begin{document}     
\frontmatter
\pagestyle{empty}

% -------------------
% --- Obalka ------
% -------------------

\begin{center}
  \sc\large
  Comenius University in Bratislava\\
  Faculty of Mathematics, Physics and Informatics

\vfill

{\LARGE\mfnazov}\\
\mftyp
\end{center}

\vfill

{\sc\large 
\noindent \mfrok\\
\mfautor
}

\cleardoublepage
% --- koniec obalky ----

% -------------------
% --- Titulný list
% -------------------

\noindent

\begin{center}
\sc  
\large
  Comenius University in Bratislava\\
  Faculty of Mathematics, Physics and Informatics

\vfill

{\LARGE\mfnazov}\\
\mftyp
\end{center}

\vfill

\noindent
\begin{tabular}{ll}
Study Programme: & \program \\
Field of Study: & \mfodbor \\
Department: & \mfpracovisko \\
Supervisor: & \mfskolitel \\
% Consultant: & \mfkonzultant \\
\end{tabular}

\vfill


\noindent \mfmiesto\\
\mfautor

\cleardoublepage
% --- Koniec titulnej strany


% -------------------
% --- Zadanie z AIS
% -------------------
% v tlačenej verzii s podpismi zainteresovaných osôb.
% v elektronickej verzii sa zverejňuje zadanie bez podpisov
% v pracach v anglictine anglicke aj slovenske zadanie

\newpage
\setcounter{page}{3}
\includepdf{includes/zadanie.pdf}

\includepdf{includes/zadanie-en.pdf}

% --- Koniec zadania


% -------------------
%   Poďakovanie - nepovinné
% -------------------
\newpage
\pagestyle{plain}
~

\vfill
{\bf Acknowledgments:} Tu môžete poďakovať školiteľovi, prípadne
ďalším osobám, ktoré vám s prácou nejako pomohli, poradili,
poskytli dáta a podobne.

% --- Koniec poďakovania

% -------------------
%   Abstrakt - Slovensky
% -------------------
\newpage 
\section*{Abstrakt}


Slovenský abstrakt v rozsahu 100-500 slov, jeden odstavec. Abstrakt
stručne sumarizuje výsledky práce. Mal by byť pochopiteľný pre bežného
informatika. Nemal by teda využívať skratky, termíny alebo označenie
zavedené v práci, okrem tých, ktoré sú všeobecne známe.

\paragraph*{Kľúčové slová:} jedno, druhé, tretie (prípadne štvrté, piate)
% --- Koniec Abstrakt - Slovensky


% -------------------
% --- Abstrakt - Anglicky 
% -------------------
\newpage 
\section*{Abstract}

Abstract in the English language (translation of the abstract in the
Slovak language).


\paragraph*{Keywords:} 

% --- Koniec Abstrakt - Anglicky

% -------------------
% --- Predhovor - v informatike sa zvacsa nepouziva
% -------------------
%\newpage 
%
%
%\chapter*{Preface} %
%
%Predhovor je všeobecná informácia o práci, obsahuje hlavnú charakteristiku práce 
%a okolnosti jej vzniku. Autor zdôvodní výber témy, stručne informuje o cieľoch 
%a význame práce, spomenie domáci a zahraničný kontext, komu je práca určená, 
%použité metódy, stav poznania; autor stručne charakterizuje svoj prístup a svoje
%hľadisko. 
%
% --- Koniec Predhovor


% -------------------
% --- Obsah
% -------------------

\cleardoublepage 

\tableofcontents

% ---  Koniec Obsahu

% -------------------
% --- Zoznamy tabuliek, obrázkov - nepovinne
% -------------------

\newpage 

\listoffigures
\listoftables

% ---  Koniec Zoznamov

\mainmatter
\pagestyle{headings}

\input{chapters/00-intro.tex}
\input{chapters/10-current}
\input{chapters/30-research.tex}
\input{chapters/40-design.tex}
\input{chapters/50-results}
\input{chapters/99-conclusion.tex}



%\input zaver.tex

% -------------------
% --- Bibliografia
% -------------------


\newpage	

\backmatter

\thispagestyle{empty}
\clearpage

\bibliographystyle{enplain.bst}
\bibliography{references} 


%---koniec Referencii

% -------------------
%--- Prilohy---
% -------------------

%Nepovinná časť prílohy obsahuje materiály, ktoré neboli zaradené priamo  do textu. Každá príloha sa začína na novej strane.
%Zoznam príloh je súčasťou obsahu.
%
%\input appendixA.tex

%\input appendixB.tex

\end{document}






