Softvérová podpora signálovej analýzy pre novú generáciu nanopórového sekvenovania

Autor Adrián Király
Vedúci doc. Mgr. Tomáš Vinař, PhD.
Anotácia

Cieľom práce je vytvorenie softvérovej podpory pre analýzu signálu v novej generácii nanopórových sekvenačných prístrojov a adaptovať existujúce nástroje na novú generáciu nástrojov.

Práca

Text práce PDF TeX

Úlohy

  • Naštudovať princíp fungovania WarpSTR
  • Sprevádzkovať WarpSTR s nástrojmi pre predošlú generáciu sekvenačných prístrojov
  • Identifikovať ďalšie závislosti na nástrojoch a knižniciach 2024-06-24
  • Otestovať aktuálnu verziu basecallera guppy s R9.4 flow cell 2024-07-16
  • Preveriť možnosti použitia basecallera Dorado 2024-08-06
Zmena cieľa: 2024-09-16

Adaptácia existujúceho pipeline na pre-zarovnanie DNA na novú generáciu sekvenovania a pridanie podpory RNA

  • Naštudovať princíp fungovania Nadavca 2024-10-02
  • Preskúmať existujúci pipeline na pre-zarovnanie DNA 2024-10-15
  • Otestovať funkčnosť na DNA s predošlou generáciou nástrojov (guppy + megalodon) 2024-11-19
  • Zdokumentovať fungovanie existujúceho pipeline 2024-11-28
  • Adaptovať pipeline na DNA s novou generáciou nástrojov (dorado/remora)
  • Vyhodnotiť úspešnosť pipeline na DNA
  • Adaptovať pipeline na RNA